如何将dds转换为DGEList，以便在R中进行kegga（）分析？

免责声明：我对R很陌生

我从一个

RNAseq

实验中获得了一些差异表达数据，我试图使用

kegga（）

来观察不同途径中的上调和下调

我已经使用了

DESeq2

作为差分表达式，我需要将

dds

对象转换为

DGEList

以用作

kegga（）

的参数，但它不起作用

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = sampleInfo, design = ~ groups)
dge <- as.DGEList(dds)

---

dds第一个错误的最常见原因是未加载包。如果已安装DEFormats，请使用library（）加载它，否则请从Bioconductor安装它，然后加载它


要继续分析，您需要执行一些预处理步骤，然后计算DE基因

design <- model.matrix(~ groups)

dge <- as.DGEList(dds)
dge <- calcNormFactors(dge)
dge <- estimateDisp(dge, design, robust=TRUE)
fit_dge <- glmQLFit(dge, design, robust=TRUE)

# change names below to specify the groups you want to compare 
my_contrast <- makeContrasts(genotypeN2-genotypeVC222, levels=design)
de_result <- glmQLFTest(fit_dge, contrast=my_contrast)
topTags(de_result)
keg <- kegga(de_result, species="Mm")

设计谢谢！我不知道DEFormats的事。我现在已经将
dds
转换为
DGEList
，但是我很难让它作为
kegga（）
的参数工作。你知道我需要做些什么才能让它工作吗？非常感谢
data_kegg您不能直接将DGE对象放入路径分析，您需要使用归一化因子和离散度估计值拟合数据，然后首先计算DE基因。查看对上述答案的编辑。您应该看一看下面链接的演练，以更好地了解这些步骤正在做什么。他们还包括可视化，以帮助质量控制您的数据，这是非常重要的！