R Doplot（）坐标定位器（）

我绘制了一个包含2个fasta序列的点图（使用seqinr包中的dotplot（）），我需要从图中提取一些值（x，y）。 Dotplot（）输出是一个图像 通用点图可能就是这个

例如，我需要紫色线表示的局部路线的起点和终点的值 这里有一个例子

l=30
seq1 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), l, repl=TRUE)) 
seq2 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), l, repl=TRUE)) 

dotPlot(seq1,seq2, wsize = 2, wstep = 1, nmatch = 2, col = c("white", "green"), xlab = deparse(substitute(seq1)), ylab = deparse(substitute(seq2)))

所以我想要两个圆圈点的精确位置，正如您所看到的，

定位器（）

给出了十进制值。 我可以使用

天花板（）

或

圆形（）

，但我可能会得到一个近似错误

我需要我点击的点的整数值，基本上是离这个地方最近的点

最好使用

identify（）

，它可以处理“正常”打印，并返回一个打印值与“单击”最接近的向量，但它不能处理dotPlot（）输出（问题似乎是它不能处理作为定位器（）的图像输出）

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任何可能的解决方案都是受欢迎的，包括在shell或python中使用dotter。谢谢

正如您所提到的，

标识

不起作用，因为它需要的是绘图而不是图像。也许解决方案是在

绘图（type=“n”，…）

之后调用

图像

，但这需要更改

点绘图

函数源代码。另一个优雅的解决方案是使用

lattice

包和

面板。识别
网格等价物
identify

这里是一个示例，我选择了一些点（6->15）：

看看github上的
evolvedmicrobe/dotplot


它提供了
mkDotPlotDataFrame
。有了它，您可以更好地获得匹配之间的坐标，就像使用
identify
非常感谢，我需要使用DotPlot（）或类似的东西，因为我需要找到重复或反转的域，这些域不会出现在主对角线中，而是出现在绘图的其他位置。我的意思是类似于这张图片的东西，所以我应该联系dotPlot（）函数的编写者并要求按照建议实现它吗？：-）@米尔库兹：老实说，你的照片让我迷路了。我把它添加到你原来的问题中，也许你可以添加一些解释来澄清你想做什么。另外，最好提供一些数据来重现情节。谢谢，我不能上传图片，因为我是新来的。现在清楚了吗？你应该
set.seed
让你的例子完全重现。对不起，我不知道set.seed函数，我现在就试试！我需要的只是知道我是否能得到2个随机点的坐标（黑色圆圈），我点击绘图时没有任何十进制值和近似值。。。
  locator(n=2, type="p")
$x
[1] 27.18720 31.23263

$y
[1] 20.45222 24.65726

library(lattice)
dotplot(y~x,data.frame(x=letters,y=letters))
trellis.focus("panel", 1, 1)
> panel.identify()
 [1]  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15