Pathview R：将已知转录本映射到表示FoldChange的KEGG通路图

我正在努力：库（pathview）

我有一个数据框（“T3”），包含以下列名和可能的标识符，用于将折叠变化映射到显著丰富的KEGG路径：

KEGGid符号人类ENSEMBL人类Enrezid小鼠ENSEMBL基因id小鼠Enrezid

学习如何获取所有这些可能的ID花费了很长时间，但不幸的是，当我尝试将它们映射到相关的KEGG节点时，通过将标识符指定为行名，我似乎没有得到结果（错误消息：

警告：没有任何基因或化合物映射到该路径！ 参数gene.idtype或cpd.idtype可能错误。 select（db.obj，keys=in.ids，keytype=in.type，columns=c）中出错（in.type，： 未使用的参数（keys=in.id，keytype=in.type，columns=c（in.type，out.type））

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$中的错误我看到错误消息，但没有代码或数据对象。仅在错误消息上寻求帮助，但不提供所需的调试方法是不可接受的。这样的问题就结束了。你应该使用工具来改进你的问题。我真的希望你这样做。如果可以的话，我有兴趣在这个主题上提供帮助。我认为ou拼错了Bioc程序包名称。R区分大小写。目前，
T3
对象只是一个12项字符向量，因此将其视为数据帧将失败。我还发现抛出错误的
select
函数没有任何用处。
SYMBOL <- c("AKT3", "AKT3")
Human_ENSEMBL<- c("ENSG00000117020","ENSG00000275199")
Human_ENTREZID <-c("10000", "10000")
Mouse_ensembl_gene_id <- c("ENSMUSG00000019699", "ENSMUSG00000019699")
Mouse_entrezgene <- c(23797, 23797)
log2FoldChange <-c(-0.676668324, -0.676668324)


T3 <- c(SYMBOL, Human_ENSEMBL, Human_ENTREZID, Mouse_ensembl_gene_id, 
Mouse_entrezgene, log2FoldChange)

row.names(T3) <- T3$SYMBOL ##For example here using SYMBOL but I have tried a 
lot of the other identifiers

pv.out <- pathview(gene.data = T3, 
pathway.id = "hsa04151", 
out.suffix = "Control vs Treatment"     )