R 使用adonis比较距离矩阵

我有两个不同的矩阵。一个是在111个站点之间比较观测数据，另一个是使用空模型生成的

我想使用

vegan

中的

adnois

函数来测试观察到的差异是否与空模型预期的差异显著。然而，adonis函数将只在公式左侧取一个相异矩阵

有人知道如何模拟这个测试吗

---

谢谢这个问题的答案是：

meanjac <- function(x) mean(vegdist(x, method='jaccard', diag=TRUE))
test <- oecosimu(x, nestfun=meanjac, method="r1", nsimul = 10^3, statistic='adonis')

---

meanjac为什么不试试壁炉架或部分壁炉架测试呢？好吧，我没有研究过这些。他们会告诉我和PERMANOVA一样的事情吗？也就是说，观察到的与无效的差异是否彼此显著不同？从某种意义上说是的。试试图书馆（素食者）

<代码>？vegan:：mantel因此mantel测试告诉我两个矩阵的差异是否相关，但不告诉它们的相对大小是否显著不同。在vegan中，您可以使用oecosimu（）构建自己的测试。有关处理差异的信息，请参见？raupcrick中的示例。使用oecosimu（）需要建立一个在数据上运行的空模型，并且可以建立一个用于测试统计的函数。建议在R-Forge或github上使用Vegan2.1版本：它们对插入您自己的空模型有更好的支持。这似乎很好，但我还没有完全理解。。。这意味着该模型将构建10^3倍的vegdist，并使用adonis对空社区矩阵进行相同次数的测试。oecosimu将使用“r1”构建10^3“随机”社区矩阵算法，然后使用meanjac从每一个中获得平均jaccard不相似性，并将其与观察到的社区矩阵的平均值进行比较。我认为统计数据=‘adonis’实际上是多余的。