Graph 创建具有重叠顶点的子图

我一直在寻找可以创建顶点重叠的子图的包。 根据我在

Networkx

和

metis

中的理解，可以将图形划分为两个或多个部分。但我找不到如何划分成具有重叠节点的子图

import networkx as nx
from cdlib import algorithms
   
if __name__ == '__main__':
 
    g = nx.karate_club_graph()

    coms = algorithms.angel(g, threshold=4, min_community_size=10)
    print(coms.method_name)
    print(coms.method_parameters)  # Clustering parameters)
    print(coms.communities)
    print(coms.overlap)
    print(coms.node_coverage)

关于支持重叠顶点分区的库的建议将非常有用

编辑：我在CDLIB中尝试了

angle

算法，将原始图划分为具有4个重叠节点的子图

import networkx as nx
from cdlib import algorithms
   
if __name__ == '__main__':
 
    g = nx.karate_club_graph()

    coms = algorithms.angel(g, threshold=4, min_community_size=10)
    print(coms.method_name)
    print(coms.method_parameters)  # Clustering parameters)
    print(coms.communities)
    print(coms.overlap)
    print(coms.node_coverage)

输出：

ANGEL
{'threshold': 4, 'min_community_size': 10}
[[14, 15, 18, 20, 22, 23, 27, 29, 30, 31, 32, 8], [1, 12, 13, 17, 19, 2, 21, 3, 7, 8], [14, 15, 18, 2, 20, 22, 30, 31, 33, 8]]
True
0.6470588235294118

从返回的社区中，我了解到1和3有4个节点的重叠，但2和3或1和3没有4个节点的重叠大小。 我不清楚如何指定重叠阈值（4个重叠） 这里是

算法。天使（g，阈值=4，最小社区大小=10）

。我尝试在这里设置threshold=4，以定义4个节点的重叠大小。但是,

：param threshold:正在[0,1]中合并阈值

我不知道如何将4个重叠转换为必须在边界[0，1]之间设置的值。建议将非常有用。

您可以查看： 他们有大量适用于networkX的社区查找算法，包括一些

• 在旁注上：
  函数的返回类型称为

  节点集群

  ，一开始可能会有点混乱，这里是，通常您只是想知道

特别是关于： 根据，阈值不是重叠阈值，而是如下使用：

如果比率大于（或等于）给定阈值，则应用合并并更新节点标签

• 基本上，该值决定是否将节点进一步合并到更大的社区中，并且不等于重叠节点的数量

  import networkx as nx
  from cdlib import algorithms
     
  if __name__ == '__main__':
   
      g = nx.karate_club_graph()
  
      coms = algorithms.angel(g, threshold=4, min_community_size=10)
      print(coms.method_name)
      print(coms.method_parameters)  # Clustering parameters)
      print(coms.communities)
      print(coms.overlap)
      print(coms.node_coverage)
  

• 另外，不要将“标签”与“节点标签”弄错（如中所示）。所引用的“标签”实际上与所使用的相关

关于改变该阈值的影响：

[…]提高阈值，我们可以获得更多的社区，因为质量较低的合并无法进行

[根据@J.M.Arnold的评论]
从中可以看出，当

threshold>=1

时，仅使用

min\u comsize

值：

self.threshold=阈值
如果self.threshold<1：
self.min_community_size=max（[3，min_comsize，int（1./（1-self.threshold）））
其他：
self.min\u community\u size=min\u comsize

你能检查我的编辑吗？我最好的猜测是

4/len（G）

但我以前从未使用过该算法谢谢你，我尝试了4/len（G.nodes）），该算法只返回了1个社区

[[0，1，10，12，13，14，15，16，17，18，19，2，20，22，23，26，27，28，29，3，30，31，32，33，4，5，7，8]

节点覆盖率为0.88。请您建议我是否可以从CDLIB尝试其他算法来创建重叠大小为4的子图。谢谢，我不知怎么错过了编辑。“合并已应用，节点标签已更新。”因此，

社区

中返回的节点与原始图表中的节点标签不对应？请澄清一下？该值决定是否将节点进一步合并到更大的社区中，而不是重叠节点的数量您是否检查了

阈值>1

？