使用数组的Java字符串连接
我知道有一个包支持处理生物信息，比如Biojava，但我想做一个简单的代码，将DNA序列转换成它的补码序列 这是我的密码使用数组的Java字符串连接,java,string,Java,String,我知道有一个包支持处理生物信息，比如Biojava，但我想做一个简单的代码，将DNA序列转换成它的补码序列 这是我的密码 public class SeqComplement{ static String sequence ; String Complement(String sequence){ // this.sequence = sequence; // String complement; // complement = "
public class SeqComplement{
static String sequence ;
String Complement(String sequence){
// this.sequence = sequence;
// String complement;
// complement = "N";
// for(int i = 0 ; i< sequence.length() ; i++){
String[] raw = new String[sequence.length()];
String[] complement = new String[sequence.length()];
String ComplementSeq = "N";
for(int i = 0 ; i <sequence.length() ; i++){
String sub = sequence.substring(i,i+1);
raw[i] = sub;
}
for(int j = 0 ; j < sequence.length();j++){
if(raw[j] == "A"){
complement[j] = "T";
}
else if (raw[j] == "T"){
complement[j] = "A";
}
else if (raw[j] == "G"){
complement[j] = "C";
}
else if (raw[j] == "C"){
complement[j] = "G";
}
else{
complement[j] = "N";
}
}
for(int k = 0 ; k < complement.length ; k++){
ComplementSeq+=complement[k];
}
return ComplementSeq.substring(1);
}
public static void main(String[] args){
SeqComplement.sequence = "ATCG";
SeqComplement ob = new SeqComplement();
System.out.println(ob.Complement(ob.sequence));
}
}
公共类{
静态字符串序列；
字符串补码（字符串序列）{
//这个序列=序列；
//字符串补码；
//complement=“N”；
//对于（int i=0；i=
进行字符串比较，这几乎肯定不是您想要的（它检查字符串使用的底层对象是否相同，而不是值是否等效）。对于您期望的等效样式行为，请使用.equals（）
因此，不是：
if(raw[j] == "A")
您可以使用：
if(raw[j].equals("A"))
您正在使用==
进行字符串比较，这几乎肯定不是您想要的（它检查字符串使用的底层对象是否相同，而不是值是否等效）。对于您期望的等效样式行为，请使用.equals（）
因此，不是：
if(raw[j] == "A")
您可以使用：
if(raw[j].equals("A"))
贝瑞是正确的。嗯，我的笔记本电脑还没有准备好，所以无法运行它
除了berry的建议外，我还要求您将main（）中的行替换为以下行：
SeqComplement ob = new SeqComplement();
ob.sequence = "ATCG";
System.out.println(ob.Complement(ob.sequence));
让我知道这是否有帮助：-）贝瑞是正确的。嗯，我的笔记本电脑还没有准备好，所以无法运行它
除了berry的建议外，我还要求您将main（）中的行替换为以下行：
SeqComplement ob = new SeqComplement();
ob.sequence = "ATCG";
System.out.println(ob.Complement(ob.sequence));
如果有帮助，请告诉我：-）要将字符串转换为字符数组，应使用以下代码：
char[] raw = sequence.toCharArray();
char[] complement = sequence.toCharArray();
同样，为了比较字符串，您应该而不是使用=
运算符，您应该调用字符串上的.equals
方法
另一个好建议是使用HashMap
存储补码，如下所示：
HashMap<Character, Character> complements = new HashMap<>();
complements.put('A', 'T');
complements.put('T', 'A');
complements.put('C', 'G');
complements.put('G', 'C');
for (int i = 0; i < raw.length; ++i) {
complement[i] = complements.get(raw[i]);
}
HashMap complements=newhashmap（）；
补语。put（'A'，'T'）；
补语。put（'T'，'A'）；
补语。put（'C'，'G'）；
补语。put（'G'，'C'）；
并对每个字符进行如下补充：
HashMap<Character, Character> complements = new HashMap<>();
complements.put('A', 'T');
complements.put('T', 'A');
complements.put('C', 'G');
complements.put('G', 'C');
for (int i = 0; i < raw.length; ++i) {
complement[i] = complements.get(raw[i]);
}
for（int i=0；i
完整代码：
public class SeqComplement {
private static HashMap<Character, Character> complements = new HashMap<>();
static {
complements.put('A', 'T');
complements.put('T', 'A');
complements.put('C', 'G');
complements.put('G', 'C');
}
public String makeComplement(String input) {
char[] inputArray = input.toCharArray();
char[] output = new char[inputArray.length];
for (int i = 0; i < inputArray.length; ++i) {
if (complements.containsKey(inputArray[i]) {
output[i] = SeqComplement.complements.get(inputArray[i]);
} else {
output[i] = 'N';
}
}
return String.valueOf(output);
}
public static void main(String[] args) {
System.out.println(new SeqComplement().makeComplement("AATCGTAGC"));
}
}
公共类{
私有静态HashMap complements=newhashmap（）；
静止的{
补语。put（'A'，'T'）；
补语。put（'T'，'A'）；
补语。put（'C'，'G'）；
补语。put（'G'，'C'）；
}
公共字符串补码（字符串输入）{
char[]inputArray=input.toCharArray（）；
char[]输出=新字符[inputArray.length]；
for（int i=0；i
要将字符串转换为字符数组，应使用以下代码：
char[] raw = sequence.toCharArray();
char[] complement = sequence.toCharArray();
同样，为了比较字符串，您应该而不是使用=
运算符，您应该调用字符串上的.equals
方法
另一个好建议是使用HashMap
存储补码，如下所示：
HashMap<Character, Character> complements = new HashMap<>();
complements.put('A', 'T');
complements.put('T', 'A');
complements.put('C', 'G');
complements.put('G', 'C');
for (int i = 0; i < raw.length; ++i) {
complement[i] = complements.get(raw[i]);
}
HashMap complements=newhashmap（）；
补语。put（'A'，'T'）；
补语。put（'T'，'A'）；
补语。put（'C'，'G'）；
补语。put（'G'，'C'）；
并对每个字符进行如下补充：
HashMap<Character, Character> complements = new HashMap<>();
complements.put('A', 'T');
complements.put('T', 'A');
complements.put('C', 'G');
complements.put('G', 'C');
for (int i = 0; i < raw.length; ++i) {
complement[i] = complements.get(raw[i]);
}
for（int i=0；i
完整代码：
public class SeqComplement {
private static HashMap<Character, Character> complements = new HashMap<>();
static {
complements.put('A', 'T');
complements.put('T', 'A');
complements.put('C', 'G');
complements.put('G', 'C');
}
public String makeComplement(String input) {
char[] inputArray = input.toCharArray();
char[] output = new char[inputArray.length];
for (int i = 0; i < inputArray.length; ++i) {
if (complements.containsKey(inputArray[i]) {
output[i] = SeqComplement.complements.get(inputArray[i]);
} else {
output[i] = 'N';
}
}
return String.valueOf(output);
}
public static void main(String[] args) {
System.out.println(new SeqComplement().makeComplement("AATCGTAGC"));
}
}
公共类{
私有静态HashMap complements=newhashmap（）；
静止的{
补语。put（'A'，'T'）；
补语。put（'T'，'A'）；
补语。put（'C'，'G'）；
补语。put（'G'，'C'）；
}
公共字符串补码（字符串输入）{
char[]inputArray=input.toCharArray（）；
char[]输出=新字符[inputArray.length]；
for（int i=0；i
这可能是一个偏好的问题，但在equals比较中把常量放在前面似乎是一个好习惯。@SimonVerhoeven是的，出于上面提到的原因@SimonVerhoeven我经常会同意，但在这种情况下不是这样，因为从来没有一种情况下我们期望raw[j]
为空（因此，如果由于某种原因引入了错误，那么将常量放在第一位将隐藏NPE。）这可能是一个偏好的问题，但在相等比较中把常数放在前面似乎是一个好习惯。@SimonVerhoeven是的，出于提到的原因@SimonVerhoeven我经常会同意，但在这种情况下不是这样，因为我们从来没有期望raw[j]
为空的情况（因此，如果由于某种原因引入了错误，那么将常量放在第一位将隐藏NPE。）您可以使用大小为（'T'+1）
的char
数组来代替，并初始化四个条目数组['T']='a'；
，数组['a']='T'；
，等等。在这种情况下，它会浪费一些数组条目，但仍然比HashMap
更有效。@Holger你是对的，但我认为HashMap
是一个整洁且更可扩展的解决方案；）你可以使用大小的char
数组来代替HashMap
（'T'