如何让makefile运行所有命令，而不考虑目标或依赖项

我正在写一个GNUmakefile来创建一个工作流来分析一些生物序列数据。这些数据以一种称为fastq的格式出现，然后经过许多清理和分析工具。我附上了我目前写的东西，从清洁前的质量控制到清洁后的质量控制。我的问题是，我不确定如何运行“fastqc”命令，因为它的目标不是工作流中任何其他步骤的依赖项

 %_sts_fastqc.html %_sts_fastqc.zip: %_sts.fastq
    # perform quality control after cleaning reads
    fastqc $^

%_sts.fastq: %_st.fastq
    # trim reads based on quality
    sickle se -f $^ -t illumina -o $@

%_st.fastq: %_s.fastq
    # remove contaminated reads
    tagdust -s adapters.fa $^

%_s.fastq: %.fastq
    # trim adapters
    scythe -a <adapters.fa> -o $@ $^

%_fastqc.html %_fastqc.zip: %.fastq
    # perform quality control before cleaning reads
    fastqc $^

%.fastq: %.sra
    # convert .fastq to .sra
    fastq-dump $^

%\u sts\u fastqc.html%\u sts\u fastqc.zip:%\u sts.fastq
#清洁后进行质量控制
fastqc$^
%_st.fastq:%\U st.fastq
#根据质量调整读数
镰刀se-f$^-t illumina-o$@
%_st.fastq:%\U.fastq
#清除受污染的读数
tagdust-s adapters.fa$^
%_s、 fastq:%。fastq
#配平接头
镰刀-a-o$@$^
%_fastqc.html%\u fastqc.zip:%.fastq
#清洁前进行质量控制
fastqc$^
%.fastq:%的sra
#将.fastq转换为.sra
快速转储$^

我不使用模式，而是使用“定义”：

 # 'all' is not a file 
.PHONY: all 
# a list of 4 samples
SAMPLES=S1 S2 S3 S4

#define a macro named analyzefastq. It takes one argument $(1). we need to protect the '$' for later expension using $(eval)
define analyzefastq 
# create a .st.fastq from fastq for file $(1)
$(1).st.fastq  : $(1).fastq
    tagdust -s adapters.fa $$^
# create a .fastq from seq for file $(1)
$(1).fastq : $(1).sra
    fastq-dump $$^

endef

#all : final target  dependency is all samples with a suffix '.st.fastq'
all: $(addsuffix ${S}.st.fastq, ${SAMPLES} )

## loop over each sample , name of variable is 'S' call and eval the previous macro, using 'S'=sample for the argument
$(foreach S,${SAMPLES},$(eval $(call analyzefastq,$(S))) )

我还使用我的工具jsvelocity为NGS生成大型Makefile：

---

我相信在Makefile的开头添加这些行可以满足您的要求：

SOURCES:=$(wildcard *.sra)
TARGETS:=$(SOURCES:.sra=_fastqc.html) $(SOURCES:.sra=_fastqc.zip)\
     $(SOURCES:.sra=_sts_fastqc.html) $(SOURCES:.sra=_sts_fastqc.zip)

.PHONY: all
all: $(TARGETS)

这样做的目的是从文件系统中获取所有

.sra

文件，并通过使用生成目标所需的任何字符串替换扩展名来构建目标列表。（请注意，由同一命令生成的

html

和

zip

目标我可以有一个或另一个，但我决定将两者都放在一起，以防规则发生变化，并且

hmtl

和

zip

目标被单独生成。）然后它设置虚假的

all

目标来构建所有计算的目标。这是一个Makefile，我在你的Makefile中做了修改，在所有地方添加了

@echo

，我用它来检查一切是否正常，而不必运行Makefile中的实际命令。您可以复制并粘贴到一个文件中，首先检查一切是否正常，然后再使用上面的行修改您自己的Makefile。这是：

SOURCES:=$(wildcard *.sra)
TARGETS:=$(SOURCES:.sra=_fastqc.html) $(SOURCES:.sra=_fastqc.zip)\
     $(SOURCES:.sra=_sts_fastqc.html) $(SOURCES:.sra=_sts_fastqc.zip)

.PHONY: all
all: $(TARGETS)

%_sts_fastqc.html %_sts_fastqc.zip: %_sts.fastq
# perform quality control after cleaning reads
    @echo fastqc $^

%_sts.fastq: %_st.fastq
# trim reads based on quality
    @echo sickle se -f $^ -t illumina -o $@

%_st.fastq: %_s.fastq
# remove contaminated reads
    @echo tagdust -s adapters.fa $^

%_s.fastq: %.fastq
# trim adapters
    @echo 'scythe -a <adapters.fa> -o $@ $^'

%_fastqc.html %_fastqc.zip: %.fastq
# perform quality control before cleaning reads
    @echo fastqc $^

%.fastq: %.sra
# convert .fastq to .sra
    @echo fastq-dump $^

SOURCES:=$（通配符*.sra）
目标：=$（源代码：.sra=\u fastqc.html）$（源代码：.sra=\u fastqc.zip）\
$（来源：.sra=\u sts\u fastqc.html）$（来源：.sra=\u sts\u fastqc.zip）
冒牌货：全部
全部：$（目标）
%_sts\u fastqc.html%\u sts\u fastqc.zip:%\u sts.fastq
#清洁后进行质量控制
@echo fastqc$^
%_st.fastq:%\U st.fastq
#根据质量调整读数
@回声镰刀se-f$^-t illumina-o$@
%_st.fastq:%\U.fastq
#清除受污染的读数
@echo tagdust-s adapters.fa$^
%_s、 fastq:%。fastq
#配平接头
@回声“镰刀-a-o$@$^”
%_fastqc.html%\u fastqc.zip:%.fastq
#清洁前进行质量控制
@echo fastqc$^
%.fastq:%的sra
#将.fastq转换为.sra
@回波快速转储$^

---

我在这里通过运行

touch a.sra b.sra

然后运行

make

来测试它。它对这两个文件都运行了命令。

您能否对代码进行注释，以便我了解每一行的功能？我刚刚开始学习如何在工作流中使用（主要受影响）。谢谢您的更新评论。如果我理解正确，我的质量控制命令应该位于与analyzefastq不同的宏中，因为在该宏中它们仍然遵循模式规则？您可以将所有特定于示例的方法放在同一个宏中（此处为“analyzefastq”）。模式是复杂的，因为类似于

%\u fastqc.html%\u fastqc.zip:%.fastq

的命令将被调用两次。一个用于*.html，另一个用于*.zip。请参见@Pierre您误解了

%\u fastqc.html%\u fastqc.zip:%.fastq

：模式规则实际上是获取输出多个目标的单个命令的唯一方法。对于非模式规则，您的语句是正确的。见@EricMelski，我明白了。谢谢我听从了你的建议，一切都很顺利。另外，我使用以下命令运行makefile:'nohupmake-f mymakefile.GNUmakefile-j 7&'。这会将所有文件的输出转储到nohup文件中，这些文件通常会进入标准输出，不幸的是，使用的一些程序不报告它们处理的文件，只报告结果，因此我无法跟踪哪个.fastq文件的统计信息。有什么办法纠正这个问题吗？