matlab相关矩阵的一个巨大矩阵

我有一个尺寸为37000000乘22的X矩阵，我想计算X的相关矩阵

即

X_corr = corr(X,'type','Spearman');

我希望X_corr的尺寸是22乘22

但是这需要很长的时间，对于这样长的矩阵，有没有更快的计算相关矩阵

谢谢

试试corrcoef（）：

此外，这几乎是您想要的（我没有足够的内存用于37e6x22）：

编辑：

如果你想要斯皮尔曼，你可以转换成等级，然后计算皮尔森，这是等价的。排序并不是那么糟糕：

>> X=rand(10000000,22);
>> tic;sort(X);toc
Elapsed time is 31.639637 seconds.

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受@Bitwise解决方案的启发，我研究了

corr

的实现。（您只需键入

edit corr

，即可完成此操作。由于它要处理NaN，因此在变量对上有一个循环。如果您的数据中没有NaN，您可以简单地计算Spearman的相关性，如下所示：

X = rand(3e6, 22);
R = tiedrank(X); % Elapsed time is 8.956700 seconds.
C = corrcoef(X); % Elapsed time is 0.579448 seconds.

哪一个应该和

C2 = corr(X, 'type', 'Spearman'); Elapsed time is 9.501480 seconds.

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但是速度差不多。

@按位抱歉，22乘22，谢谢你的澄清。除非你在X中有特殊的结构可以利用，否则恐怕需要O（n log（n））.

corrcoef

我认为只计算皮尔逊的相关性。@Memming Spearman在文本中没有明确要求，只是在代码中。他也可以排名然后再做皮尔逊，这是等效的。对。但是在这种情况下排名将占用大部分计算。@Memming它将占用大部分计算，但仍然可能比co更快rr（）-请参阅我的编辑。

X = rand(3e6, 22);
R = tiedrank(X); % Elapsed time is 8.956700 seconds.
C = corrcoef(X); % Elapsed time is 0.579448 seconds.

C2 = corr(X, 'type', 'Spearman'); Elapsed time is 9.501480 seconds.