Matrix 应用popbio“;“投影矩阵”;多个肥力并生成矩阵列表
我通常通过环顾这里找到问题的答案(我很高兴stackovergflow的存在!),但我还没有找到这个问题的答案。。。我希望你能帮助我:) 我正在使用“popbio”包中的Matrix 应用popbio“;“投影矩阵”;多个肥力并生成矩阵列表,matrix,transition,modeling,population,Matrix,Transition,Modeling,Population,我通常通过环顾这里找到问题的答案(我很高兴stackovergflow的存在!),但我还没有找到这个问题的答案。。。我希望你能帮助我:) 我正在使用“popbio”包中的projection.matrix()函数创建转换矩阵。在函数中,必须指定“阶段”和“命运”(两个分类变量)以及“肥力”(数字列) 一切正常,但我想将该函数应用于数据框中的1:n生育率列,并获得一个矩阵列表,这些矩阵是由具有不同生育率值的相同分类变量生成的 这就是我的数据框架的样子(我只包括我在这个问题中使用的变量): 使用 返
projection.matrix()
函数创建转换矩阵。在函数中,必须指定“阶段”和“命运”(两个分类变量)以及“肥力”(数字列)
一切正常,但我想将该函数应用于数据框中的1:n生育率列,并获得一个矩阵列表,这些矩阵是由具有不同生育率值的相同分类变量生成的
这就是我的数据框架的样子(我只包括我在这个问题中使用的变量):
使用
返回一个转换矩阵,该矩阵中包含生育率值
我的问题是,我想一次性生成一个具有不同生育率值的矩阵列表(实际上,我的数据长度>=300,四种不同治疗的生育率列~100…)
我将感谢你的帮助
-W
PS popbio中的函数是这样的:
projection.matrix =
function (transitions, stage = NULL, fate = NULL, fertility = NULL,
sort = NULL, add = NULL, TF = FALSE)
{
if (missing(stage)) {
stage <- "stage"
}
if (missing(fate)) {
fate <- "fate"
}
nl <- as.list(1:ncol(transitions))
names(nl) <- names(transitions)
stage <- eval(substitute(stage), nl, parent.frame())
fate <- eval(substitute(fate), nl, parent.frame())
if (is.null(transitions[, stage])) {
stop("No stage column matching ", stage)
}
if (is.null(transitions[, fate])) {
stop("No fate column matching ", fate)
}
if (missing(sort)) {
sort <- levels(transitions[, stage])
}
if (missing(fertility)) {
fertility <- intersect(sort, names(transitions))
}
fertility <- eval(substitute(fertility), nl, parent.frame())
tf <- table(transitions[, fate], transitions[, stage])
T_matrix <- try(prop.table(tf, 2)[sort, sort], silent = TRUE)
if (class(T_matrix) == "try-error") {
warning(paste("Error sorting matrix.\n Make sure that levels in stage and fate columns\n match stages listed in sort option above.\n Printing unsorted matrix instead!\n"),
call. = FALSE)
sort <- TRUE
T_matrix <- prop.table(tf, 2)
}
T_matrix[is.nan(T_matrix)] <- 0
if (length(add) > 0) {
for (i in seq(1, length(add), 3)) {
T_matrix[add[i + 0], add[i + 1]] <- as.numeric(add[i +
2])
}
}
n <- length(fertility)
F_matrix <- T_matrix * 0
if (n == 0) {
warning("Missing a fertility column with individual fertility rates\n",
call. = FALSE)
}
else {
for (i in 1:n) {
fert <- tapply(transitions[, fertility[i]], transitions[,
stage], mean, na.rm = TRUE)[sort]
F_matrix[i, ] <- fert
}
}
F_matrix[is.na(F_matrix)] <- 0
if (TF) {
list(T = T_matrix, F = F_matrix)
}
else {
T_matrix + F_matrix
}
}
<environment: namespace:popbio>
projection.matrix=
函数(转换,阶段=NULL,命运=NULL,生育率=NULL,
sort=NULL,add=NULL,TF=FALSE)
{
如果(缺失(阶段)){
阶段Caner Aktas通过Research Gate回答了我的问题
答复:
fertility.list<-vector("list",length(suffix))
names(fertility.list)<-fer.names
for(i in suffix) fertility.list[[i]]<-projection.matrix(df,fertility=fer.names[i])
fertility.list
生育率。列表Caner Aktas通过Research Gate回答了我的问题
答复:
fertility.list<-vector("list",length(suffix))
names(fertility.list)<-fer.names
for(i in suffix) fertility.list[[i]]<-projection.matrix(df,fertility=fer.names[i])
fertility.list
fertility.list
fertility.list<-vector("list",length(suffix))
names(fertility.list)<-fer.names
for(i in suffix) fertility.list[[i]]<-projection.matrix(df,fertility=fer.names[i])
fertility.list