Matrix Mathematica序列比对相似规则

在Mathematica的选项中，相似规则 对于序列对齐 有可能推动类似矩阵的“BLAST”“BLOSUM62”“BLOSUM80”“PAM30”“PAM70”“PAM250”。 如果我想用我自己的呢？ 对于每个字母组合，我是否必须用{a，a}->1，{a，b}->-1}等来定义它？？ 或者，除了导入之外，是否有可能编写自己的文件并将其存储为矩阵？使用mathematica矩阵定义此类对象的最快方法是什么

任何帮助都将不胜感激

干杯， m、

我对“BLOSUM”（命名的相似性规则矩阵之一）进行了grep，以查看它的定义，并希望发现其实现的机制。我发现它似乎是在一个名为SimilarityScoreMatrix.mx的文件中定义的，这是一个二进制Mathematica文件，大致相当于编译语言中的一个对象文件。我还查找了其中包含“BLOSUM”的文件，但没有找到任何文件。所有这些都是说Wolfram似乎不打算扩展这些名称，因为如果它们扩展了，可能会在文档中发现该机制，或者至少通过我所做的搜索发现

但是，您仍然可以做您想做的事情。如果您构建了规则列表，您可以使用将其写入二进制图像，然后使用将其读回

最后一点要注意的是，相似规则看起来非常像Mathematica的规则。如果我发现命名的相似规则矩阵实际上只是Sparsearray，我也不会太惊讶。这可能是因为在Mathematica处理矩阵的过程中，你没有失去任何传递规则的效率。你甚至可以这是我的想法，但我不确定我在文档中的挖掘能力。干杯！