Python 如何从数组中正确提取PNG格式的带标签掩码？

我有以下的

Nifti

格式，其中包含掩码，我编写了以下代码来提取内部图像作为

PNG

图像，问题是：

这是一个标记为[0.1.2.3.]的多类掩码，在将掩码保存为

PNG

后，掩码图像中的值分布在[0-->255]范围内，它们不再像以前那样只是4个标签

请问我如何解决这个问题

唯一重要的是在内部有4个独特的标签

提前谢谢

import nibabel as nib
import os
import glob
import numpy as np
from skimage.io import imread, imsave
#-------------------------------------------
# Multi Class Masks
path = 'Masks'
Dataset = glob.glob( os.path.join(path, '*.gz') )
ctr = 0
for image in Dataset:
    # Load masks voxel
    images = nib.load(image).get_fdata()
    print(np.unique(images))
    # Save it as PNG
    ctr+=1
    if(not os.path.exists('Dataset/masks/Case_'+str(ctr))):
        os.mkdir('Dataset/masks/Case_'+str(ctr))
    for _id in range(images.shape[2]):
        imsave(os.path.join('Dataset/masks','Case_'+
            str(ctr),str(ctr)+'_'+str(_id+1)+'.png'),
             resize(images[:,:,_id],(256,256)))
#-------------------------------------------
        imag = imread(os.path.join('Dataset/masks','Case_'+
             str(ctr),str(ctr)+'_'+str(_id+1)+'.png'))
        print(np.unique(imag))

---

我只是想警告你，我对Nifti数据一无所知，在这里可能完全错了。。。但是，我认为问题在于当你这样做的时候：

fdata = nib.load(image).get_fdata()

实际上，您会得到一个

float64

数据类型：

print(fdata.dtype)

PNG格式只处理

uint8

或

uint16

，而不处理

float64

我假设，由于

数据的形状是（63063063045），这意味着有45个部分，每个是630x630，但我可能又错了。因此，我采取了一个相当中心的切片，在这一点上，中间可能会有一些东西，并且我强烈地把它转换成<代码> uTI8强>，并将其保存为PNG。p>
imsave('result.png', fdata[...,22].astype(np.uint8))

PNG是低对比度的，因为在0..255的刻度上所有值都小于4，所以我使用ImageMagick增加对比度，以便您可以看到它：

magick result.png -auto-level visible.png


您可以使用终端中的ImageMagick获取直方图并查看4个类别标签中每个类别标签的出现频率：

magick result.png -format "%c" histogram:info

样本输出

335942: (0,0,0) #000000 gray(0)      <--- there are 335,942 pixels=0
 26367: (1,1,1) #010101 gray(1)      <--- there are  26,367 pixels=1
 29419: (2,2,2) #020202 gray(2)
  5172: (3,3,3) #030303 gray(3)

335942:（0,0,0）#000000格雷（0）