Python 读取压缩数据会得到不同的结果

我正在使用genfromtxt来读取数据

genfromtxt也必须适用于.gz文件，但似乎不行

使用简单数据（不是.gz文件）

文件内容为：

 @HWI
    ABCDE
    +
    @HWI7
    EFSA
    +
    ???=AF
    GTEY@JF
    GVTAWM

上述代码的输出为：

['@HWI' 'ABCDE' '+' '@HWI7' 'EFSA' '+' '???=AF' 'GTEY@JF' 'GVTAWM']
<type 'numpy.ndarray'>

其中：

[ ' @HWI\n    ABCDE\n    +\n    @HWI7\n    EFSA\n    +\n    ???=AF\n    GTEY@JF\n    GVTAWM']
<type 'numpy.ndarray'>

['@HWI\n ABCDE\n+\n@HWI7\n EFSA\n+\n？？？=AF\nGTEY@JF\n GVTAWM']

更接近初始值，但仍然不起作用（无法继续计算）

---

如何实现相同的结果？

来自文档：

genfromtxt(fname, dtype=<class 'float'>, comments='#', delimiter=None, skip_header=0, skip_footer=0, converters=None, missing_values=None, filling_values=None, usecols=None, names=None, excludelist=None, deletechars=None, replace_space='_', autostrip=False, case_sensitive=True, defaultfmt='f%i', unpack=None, usemask=False, loose=True, invalid_raise=True, max_rows=None)
    Load data from a text file, with missing values handled as specified.

    Each line past the first `skip_header` lines is split at the `delimiter`
    character, and characters following the `comments` character are discarded.

    Parameters
    ----------
    fname : file or str
        File, filename, or generator to read.  If the filename extension is
        `.gz` or `.bz2`, the file is first decompressed. Note that
        generators must return byte strings in Python 3k.

然后在python中：

>>> import numpy as np
>>> np.genfromtxt('./test.txt', dtype=str)
array(['@HWI', 'ABCDE', '+', '@HWI7', 'EFSA', '+', '???=AF', 'GTEY@JF',
       'GVTAWM'],
      dtype='<U7')
>>> np.genfromtxt('./test.txt.gz', dtype=str)
array(['@HWI', 'ABCDE', '+', '@HWI7', 'EFSA', '+', '???=AF', 'GTEY@JF',
       'GVTAWM'],
      dtype='<U7')

>>将numpy作为np导入
>>>np.genfromtxt（'./test.txt'，dtype=str）
数组（['@HWI'，ABCDE'，'+'，'@HWI7'，'EFSA'，'+'，'？？？=AF'，'GTEY@JF',
“GVTAWM”]，
文档中的dtype='：

genfromtxt(fname, dtype=<class 'float'>, comments='#', delimiter=None, skip_header=0, skip_footer=0, converters=None, missing_values=None, filling_values=None, usecols=None, names=None, excludelist=None, deletechars=None, replace_space='_', autostrip=False, case_sensitive=True, defaultfmt='f%i', unpack=None, usemask=False, loose=True, invalid_raise=True, max_rows=None)
    Load data from a text file, with missing values handled as specified.

    Each line past the first `skip_header` lines is split at the `delimiter`
    character, and characters following the `comments` character are discarded.

    Parameters
    ----------
    fname : file or str
        File, filename, or generator to read.  If the filename extension is
        `.gz` or `.bz2`, the file is first decompressed. Note that
        generators must return byte strings in Python 3k.

然后在python中：

>>> import numpy as np
>>> np.genfromtxt('./test.txt', dtype=str)
array(['@HWI', 'ABCDE', '+', '@HWI7', 'EFSA', '+', '???=AF', 'GTEY@JF',
       'GVTAWM'],
      dtype='<U7')
>>> np.genfromtxt('./test.txt.gz', dtype=str)
array(['@HWI', 'ABCDE', '+', '@HWI7', 'EFSA', '+', '???=AF', 'GTEY@JF',
       'GVTAWM'],
      dtype='<U7')

>>将numpy作为np导入
>>>np.genfromtxt（'./test.txt'，dtype=str）
数组（['@HWI'，ABCDE'，'+'，'@HWI7'，'EFSA'，'+'，'？？？=AF'，'GTEY@JF',
“GVTAWM”]，
dtype='为什么不对
gzip.open（）中的file对象使用
genfromtxt

编辑

numpy
为
.gz
和
.bz2
文件使用预定义的文件开启器。您可以检查如下配置：

import numpy.lib._datasource as DS
DS._file_openers._load()
print(DS._file_openers._file_openers)

在我的机器上，这显示了bz2和gz文件的处理程序：

{'.bz2': <type 'bz2.BZ2File'>, None: <built-in function open>, '.gz': <function open at 0x7efca562a6e0>}

{.bz2'：，无：，'.gz'：}

由于gz文件的处理程序实际上是
gzip.open
，所以numpy在您的机器上不使用它似乎很奇怪。
为什么不将
genfromtxt
与
gzip.open（）中的file对象一起使用呢

编辑

numpy
为
.gz
和
.bz2
文件使用预定义的文件开启器。您可以检查如下配置：

import numpy.lib._datasource as DS
DS._file_openers._load()
print(DS._file_openers._file_openers)

在我的机器上，这显示了bz2和gz文件的处理程序：

{'.bz2': <type 'bz2.BZ2File'>, None: <built-in function open>, '.gz': <function open at 0x7efca562a6e0>}

{.bz2'：，无：，'.gz'：}

由于gz文件的处理程序实际上是
gzip.open
，numpy在您的机器上不使用它似乎很奇怪。
为什么不将
genfromtxt
与
gzip.open（）
中的file对象一起使用呢？您尝试过
gzip.open（“file”，“rt”）了吗
？通过解除
gzip。打开binary@MutationalMeltdown当前位置我刚试过。仍然是same@resi：是的！就是这样！谢谢！请回答！为什么不对
gzip.open（）中的file对象使用
genfromtxt
？您尝试过
gzip.open（“file”、“rt”）吗
？通过解除
gzip。打开binary@MutationalMeltdown当前位置我刚试过。仍然是same@resi：是的！就是这样！谢谢！请回答！我刚刚在这里试过，它对我有效，我将编辑我的答案以显示如何。嗯……我刚刚找到它对我无效的原因。我必须删除这行
f=open（'file'，'r'））
然后它就如你所说的那样起作用了！（我选择了答案，这就是我投票给你的原因，谢谢！）如果你想根据删除行更新你的答案。我刚刚在这里尝试过，它对我有效，我将编辑我的答案以显示如何。嗯……我刚刚找到了它对我无效的原因。我必须删除这行
f=open（'file'，r'）
然后它就如你所说的那样起作用了！（我选择了答案，这就是为什么我投票给你，谢谢！）如果你想根据删除行更新你的答案。即使这是一个简单的解决方法，它也会让你负责处理文件扩展名/文件类型。
numpy.genfromtxt
应该像@rectummelancolique指出的那样工作，并且会透明地为你这样做。我编辑我的答案是为了指出numpy文件的开头。你可以吗是否弄乱了PYTHONPATH或sys.path？：否，请查看我对rectummelancolique答案的评论。
f=open（'file'，'r'））
是问题所在，即使这是一个简单的解决方法，它也让你负责处理文件扩展名/文件类型。
numpy.genfromtxt
应该像@rectummelancolique指出的那样工作，并且可以透明地为你做。我编辑了我的答案，指出numpy文件的开头。你可能弄乱了PYTHONPATH或sys吗.path？：否，请查看我对rectummelancolique答案的评论。
f=open（'file'，'r'）
是问题所在
{'.bz2': <type 'bz2.BZ2File'>, None: <built-in function open>, '.gz': <function open at 0x7efca562a6e0>}