R：在双平行/降雪中制造集群挂起

我在局域网上安装了两台服务器，新安装了Centos 6.4 minimal和R 3.0.1。这两台计算机都安装了双并行、snow和snowfall软件包

服务器之间可以通过ssh很好地相互连接

当我尝试在任意方向创建集群时，都会得到一个输入密码的提示，但在输入密码后，它只是不确定地挂在那里

makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username")

如何对此进行故障排除

编辑：

我还尝试在上面提到的计算机上调用makePSOCKcluster，主机可以用作从机（来自其他计算机），但它仍然挂起。那么，是否可能存在防火墙问题？我还尝试将makePSOCKcluster与端口22一起使用：

> makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username",port=22)
Error in socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  :
  cannot open the connection
In addition: Warning message:
In socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  :
  port 22 cannot be opened

这是我的iptables

# Firewall configuration written by system-config-firewall
# Manual customization of this file is not recommended.
*filter
:INPUT ACCEPT [0:0]
:FORWARD ACCEPT [0:0]
:OUTPUT ACCEPT [0:0]
-A INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
-A INPUT -p icmp -j ACCEPT
-A INPUT -i lo -j ACCEPT
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 22 -j ACCEPT
-A INPUT -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibited
-A FORWARD -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibited
COMMIT

---

创建集群对象时，可以首先将“outfile”选项设置为空字符串：

makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username",outfile="")

这允许您查看来自终端中工作人员的错误消息，这有望为问题提供线索。如果没有帮助，我建议使用手动模式：

makePSOCKcluster("192.168.1.1",user="username",outfile="",manual=TRUE)

这将绕过ssh，并显示要执行的命令，以便在单独的终端中手动启动每个工作进程。这可能会发现一些问题，例如未安装的R包。它还允许您使用您选择的任何调试工具来调试worker，尽管这需要一些工作

如果执行指定命令后，

makePSOCKcluster

没有响应，则表示工作进程无法连接到主进程。如果工作程序没有显示任何错误消息，则可能表明存在网络问题，可能是由于防火墙阻止了连接。由于在R3.X中默认情况下，

makePSOCKcluster

使用随机端口，因此您应该为端口指定一个显式值，并配置防火墙以允许连接到该端口

要测试网络或防火墙问题，可以尝试使用“netcat”连接到主进程。在手动模式下执行

makePSOCKcluster

，指定所需工作主机的主机名和本地计算机上应允许传入连接的端口：

> library(parallel)
> makePSOCKcluster("node03", port=11234, manual=TRUE)
Manually start worker on node03 with
   '/usr/lib/R/bin/Rscript' -e 'parallel:::.slaveRSOCK()' MASTER=node01
PORT=11234 OUT=/dev/null TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE 

现在在“node03”上启动终端会话，并使用指示的“MASTER”和“PORT”值作为参数执行“nc”：

node03$ nc node01 11234

主进程应立即返回消息：

socket cluster with 1 nodes on host ‘node03’

nc: getaddrinfo: Name or service not known

而netcat不应显示任何消息，因为它正在安静地从套接字连接读取数据

但是，如果netcat显示以下消息：

socket cluster with 1 nodes on host ‘node03’

nc: getaddrinfo: Name or service not known

那么您就有了主机名解析问题。如果您可以找到一个与netcat一起工作的主机名，您可以通过“主”选项指定该名称，从而使

makePSOCKcluster

工作：

makePSOCKcluster（“node03”，master=“node01”，port=11234）

如果netcat立即返回，则可能表明它无法连接到指定的端口。如果它在一两分钟后返回，则可能表示它根本无法与指定的主机通信。在任何一种情况下，请检查netcat的返回值，以验证它是否为错误：

node03$ echo $?
1

---

希望这将为您提供有关问题的足够信息，您可以从网络管理员那里获得帮助。

谢谢。我尝试过使用无密码ssh，但没有成功。当使用manual=TRUE的makePSOCKcluster时，它告诉我并行运行“/usr/lib64/R/bin/Rscript'-e:：：：.slaveRSOCK（）”MASTER=genome PORT=11494 OUT=/dev/null TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE，我在从机上执行该操作，但之后不会发生任何事情。在OP中添加更多线索。当我在主服务器和从服务器上禁用防火墙（iptables）时，即使手动设置为TRUE，我也会得到相同的结果。谢谢，看起来我有进展了！selinux和iptables在主服务器和从服务器上都被禁用。我在主机上运行了“makePSOCKcluster”（“192.168.1.1”，端口=11234）”，它将一直挂起，直到我在从机上执行“nc 192.168.1.2 11234”。在从机上调用nc后，以下内容立即出现在主“主机'192.168.1.1'上有1个节点的套接字群集”上。（192.168.1.2为主，1.1从）。那么，这是否意味着从机在被告知之前不会监听端口？在从属设备上不使用nc的情况下，如何启动套接字群集？再次感谢。@user1489048不幸的是，实际工作进程没有启动：您欺骗了主进程，使其认为它是在您使用nc连接到它时启动的。问题：使用手动模式时，主机是否显示“主机=192.168.1.2”？否则，设置“master=192.168.1.2”可能会有所帮助。@user1489048换句话说，请尝试运行“makePSOCKcluster”（“192.168.1.1”，master=“192.168.1.2”，port=11234）”。您需要是root才能绑定到数量较少的端口，并且不能绑定到已经绑定到另一个进程（如sshd）的端口。