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Arrays 如何在linux中使用多变量for循环

arrays linux bash for-loop

Arrays 如何在linux中使用多变量for循环,arrays,linux,bash,for-loop,Arrays,Linux,Bash,For Loop,我有一个命令需要为多个文件组合运行。该命令如下所示： myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam export TARGET_SAMPLE="sample_1" export NORMAL_SAMPLE="sample_2

我有一个命令需要为多个文件组合运行。该命令如下所示：

myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam

export TARGET_SAMPLE="sample_1"
export NORMAL_SAMPLE="sample_2"
我希望对多组样本运行此操作，而无需每次手动更改路径。现在，我在手动运行之前设置了示例，如下所示：

myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam

export TARGET_SAMPLE="sample_1"
export NORMAL_SAMPLE="sample_2"
如何运行此操作以确保目标样本和正常样本始终正确匹配？对于每个普通的示例，我需要使用两个不同的目标示例文件运行两次脚本。我认为使用数组可以工作，但我不知道如何正确地将其输入for循环

下面是一些我需要运行的配对示例：

export TARGET_SAMPLE="sample_1"
export NORMAL_SAMPLE="sample_2"

export TARGET_SAMPLE="sample_3"
export NORMAL_SAMPLE="sample_2"

export TARGET_SAMPLE="sample_4"
export NORMAL_SAMPLE="sample_5"

export TARGET_SAMPLE="sample_6"
export NORMAL_SAMPLE="sample_5"
因此，此组合列表的第一个示例输出是在shell中提交这些命令：

myscript.pl -output_directory /path/output_sample_1_vs_sample_2 -target_sample /path/sample_1.bam -normal_sample /path/sample_2.bam
第二个问题是：

myscript.pl -output_directory /path/output_sample_3_vs_sample_2 -target_sample /path/sample_3.bam -normal_sample /path/sample_2.bam
感谢您的帮助。

方法1使用while循环从here文档读取多个值：

export TARGET_SAMPLE NORMAL_SAMPLE

# special characters in the values (eg. space) will cause problems
while read TARGET_SAMPLE NORMAL_SAMPLE ANYTHING_ELSE; do
    # insert sanity checks here
    myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam
done <<'EOD'
sample_1 sample_2
sample_3 sample_2
sample_4 sample_5
sample_6 sample_5
EOD
方法3：在多个阵列上使用for循环：

Bash对数组变量进行了索引，因此可以使用for循环，但保持数组同步容易出错，因此我不建议使用。

可以使用两个数组，即target和normal，两个数组中的对占据相同的位置。那么这会涉及到两个for循环通过每个数组吗？很难说是什么代码错误，因为您没有提供代码或遇到错误。另见。我没有任何错误，因为我不知道如何创建一个for循环，将特定的变量配对在一起，而不仅仅是通过单个变量集或所有可能的组合循环。我不认为它是一个简单的嵌套循环，因为我有一个硬编码列表，其中列出了目标样本和正常样本的可能组合，应该一起运行。不，只有一个循环。假设正常=n1 n3 n3，目标=t2 t3 t4。两个数组都有三个元素。只要保持感兴趣的顺序，就可以使用从0到lengthnormal的变量n循环，并使用${normal[n]}和${target[n]}作为parameters.cat文件|在读取时。。。读的时候写的更好；做done