由于Ubuntu下的NumPy Fortran混合，Theano失败

我在我的机器上安装了nosetests，但是nosetests出现了与Numpy/Fortran相关的错误消息。对我来说，看起来Numpy是用不同于Theano的Fortran版本编译的。我已经重新安装了Theano（

sudo-pip-uninstall Theano

+

sudo-pip-install--upgrade--no-deps-Theano

）和Numpy/Scipy（

apt-get-install--replaunt-python-numpython-Scipy

），但这没有帮助

你建议采取什么步骤

完整错误消息： 我的研究： 关于

未定义符号的页面：\u gfortran\u st\u write\u done'

错误：

如果您看到错误消息

importorror:/usr/lib/atlas/libblas.so.3gf：未定义符号：_gfortran\u st_write\u done

在构建SciPy时，这意味着NumPy在构建过程中选择了错误的Fortran编译器（例如ifort）

使用以下命令重新编译NumPy：

python setup.py build--fcompiler=gnu95

或任何合适的（请参见

python setup.py build--help fcompiler

）

但是：

使用的软件版本：

• scipy 0.10.1（scipy.test（）工作）
• NumPy 1.6.2（NumPy.test（）工作）
• theano 0.5.0（一些测试失败，带有

  未定义符号：\u gfortran\u st\u write\u done'

  ）
• python 2.6.6
• Ubuntu 10.10

[更新] 因此，我使用

apt get remove

和

find-name XXX-delete将numpy和scipy从系统中删除

然后，我使用
sudopythonsetpy.py安装
从github源代码安装了numpy和scipy

之后，我再次输入了
sudopip卸载theano
和
sudopip安装-升级-无deps theano

错误仍然存在：/

我还尝试了
apt-get-source
…+
apt-get-build-dep…
方法，但对于我的旧Ubuntu（10.10），它安装了太旧版本的numpy和scipy，不需要：
值错误：numpy>=1.4是必需的（从/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/numpy/\u init\u.pyc中检测到1.3.0）
您尝试过从源代码重新编译numpy吗

我不熟悉Ubuntu软件包系统，所以我无法检查您的
dist软件包/numpy
中有什么。有了一个干净的
NumPy
源文件存档，您应该有一个
setup.py
，与目录
NumPy
、
tools
和
benchmarks
处于同一级别。我很确定这就是您想要用于
python setup.py构建的

[编辑]

现在，您已经使用适当的
--fcompiler
选项重新编译了
numpy
，也许您可以尝试使用
Theano
，也就是说，直接从源代码编译，而不依赖
apt get
甚至
pip
。通过这种方式，您应该能够更好地控制构建过程，这将使调试/尝试找到解决方案变得更容易
 我也有同样的问题。我找到的解决方案是在theano/gof/cmodule.py中添加一个hack，每当libs中有“blas”时，就链接到gfortran。这就解决了问题

class GCC_compiler(object):
   ...
    @staticmethod
    def compile_str(module_name, src_code, location=None,
                    include_dirs=None, lib_dirs=None, libs=None,
                    preargs=None):
        ...
        cmd.extend(['-l%s' % l for l in libs])
        if 'blas' in libs:
            cmd.append('-lgfortran')

我也遇到了同样的问题，在查看了源代码之后，user212658的回答似乎可以正常工作（我没有尝试过）。然后，我寻找一种在不修改源代码的情况下部署user212658的hack的方法

将这些行放在您的文件中：

这对我很有效。
更好的修复方法是删除atlas并安装openblas。openblas比atlas更快。此外，openblas不请求gfortran，它是numpy链接的对象。因此，它将开箱即用。
@Framester，如前所述，如果您刚刚安装了pythonnumpy，则没有用于构建它的文件。您将需要apt-get-source…+apt-get-build-dep…，然后编译并安装。为了让ubuntu 100%干净，你可能想构建一个包，但不知道需要做什么。我仍然在努力手动安装numpy。不幸的是，这是离线自动取款机。再次感谢您的提示。我试图跟随他们，但我仍然收到相同的错误。请参阅更新。（两者都已经+1）哦，我刚刚看到，我忽略了apt-get-source…+apt-get-build-dep版本。我现在正在试，谢谢！不幸的是，我无法测试它，因为我重新安装了所有东西以使其工作+1无论如何
Nick@some-serv2:/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/numpy$ python setup.py build --help-fcompiler
This is the wrong setup.py file to run

class GCC_compiler(object):
   ...
    @staticmethod
    def compile_str(module_name, src_code, location=None,
                    include_dirs=None, lib_dirs=None, libs=None,
                    preargs=None):
        ...
        cmd.extend(['-l%s' % l for l in libs])
        if 'blas' in libs:
            cmd.append('-lgfortran')

[blas]
ldflags = -lblas -lgfortran