Python 将多个dicom图像转换为灰度

我正在使用基于区域的方法进行图像分割。为此，我需要将我的dicom文件转换为灰度，我在一张图像中执行了该操作，但对于中的多张图像，这会给我一个错误

def DicomtoRGB(dicomfile,bt,wt):
    """Create new image(numpy array) filled with certain color in RGB"""
    # Create black blank image
    image = np.zeros((dicomfile.shape[0], dicomfile.shape[1], 3), np.uint8)
    #loops on image height and width
    i=0
    j=0
    while i<dicomfile.shape[0]:
        j=0
        while j<dicomfile.shape[1]:
            color = yaxpb(dicom_file.pixel_array[i][j],bt,wt) #linear transformation to be adapted
            image[i][j] = (color,color,color)## same R,G, B value to obtain greyscale
            j=j+1
        i=i+1
    return image

def yaxpb(pxvalue,bt,wt):
    if pxvalue < bt:
        y=0
    elif pxvalue > wt:
        y=255
    else:
        y=pxvalue*255/(wt-bt)-255*bt/(wt-bt)
    return y

for filename in os.listdir(path):
    dicom_file = os.path.join(path,filename)   
    exists = os.path.isfile(dicom_file) 
    print(filename)
    ds = dicom.read_file(dicom_file)
    dcm_sample=ds.pixel_array*128
    print(type(dcm_sample))

    image=DicomtoRGB(dcm_sample,bt=0,wt=1400)
    print(type(image))
    gray = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
    gray = rgb2gray(image)
    plt.imshow(gray, cmap='gray') 

def DicomtoRGB（dicomfile、bt、wt）： “”“创建用RGB中的特定颜色填充的新图像（numpy数组）” #创建黑色空白图像 image=np.zero（（dicomfile.shape[0]，dicomfile.shape[1]，3），np.uint8） #图像高度和宽度上的循环 i=0 j=0 而I9图像=DicomtoRGB（dcm_样本，bt=0，wt=1400） 10打印（类型（图像）） 11灰色=cv2.CVT颜色（图像，cv2.COLOR\u BGR2GRAY） 在DicomtoRGB中（dicomfile、bt、wt） 14而j 16 color=yaxpb（dicom_file.pxvalue[i][j]，bt，wt）#要调整的线性变换 17图像[i][j]=（颜色、颜色、颜色）##相同的R、G、B值以获得灰度 18 j=j+1 AttributeError:“str”对象没有“像素数组”属性

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或有人请指我将多个DICOM图像转换成灰度级的链接。

< P>最后一行的问题意味着你乐意考虑其他的可能性，所以我建议<强> IVimeGigi> <强> >安装在大多数Linux DistOS上，可用于Mac OS和Windows。< /P> 因此，仅在终端中，您可以将所有Dicom图像转换为灰度，并自动将亮度级别设置为全范围，另存为PNG格式，使用：

magick mogrify -format PNG -colorspace gray -auto-level *.dcm

或者，如果您希望将它们保存为JPEG格式，保存在名为

grayscale

的目录中，请使用：

mkdir grayscale
magic mogrify -format JPEG -path grayscale -colorspace gray -auto-level *.dcm

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如果你使用的是旧V6>强> IMAGE（<强）>，从上面所示的命令中省略“代码> MAGICK < /代码>。

< P>你的最后一行暗示你很乐意考虑其他的可能性，因此，我建议将ImageMagick安装在大多数Linux发行版上，可用于macOS和Windows

因此，仅在终端中，您可以将所有Dicom图像转换为灰度，并自动将亮度级别设置为全范围，另存为PNG格式，使用：

magick mogrify -format PNG -colorspace gray -auto-level *.dcm

或者，如果您希望将它们保存为JPEG格式，保存在名为

grayscale

的目录中，请使用：

mkdir grayscale
magic mogrify -format JPEG -path grayscale -colorspace gray -auto-level *.dcm

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如果您使用的是较旧的v6ImageMagick，请从我上面显示的命令中省略单词

magick

。

这一行就是问题所在：

color=yaxpb（dicom_文件.pixel_数组[i][j]，bt，wt）

dicom_文件

是从

for

循环到文件的路径，而不是numpy数组。我想你想要的是

dicom文件

而不是

dicom\u文件。像素数组

color=yaxpb（dicomfile[i][j]，bt，wt）

这一行就是问题所在：

color=yaxpb（dicom_文件.pixel_数组[i][j]，bt，wt）

dicom_文件

是从

for

循环到文件的路径，而不是numpy数组。我想你想要的是

dicom文件

而不是

dicom\u文件。像素数组

color=yaxpb（dicomfile[i][j]，bt，wt）

我不知道您的代码，但您可以使用opencv传输图像。更简单。我不知道你的代码，但是你可以使用opencv来传输图像。这更容易。