R 使用“时出错”；EpiEstim“；及；ggplot2"；图书馆

首先，我必须说我在R完全是个呆子。所以我提前为这么简单的任务请求帮助而道歉。我的任务是使用CSV文件中的数据，形成特定时期的新冠病毒-19病例图表。不幸的是，目前我无法联系世界卫生组织提供启动数据和脚本的人员。但我留下了一个我自己也无法修复的错误，没有谷歌的帮助

script.R

library(EpiEstim)
library(ggplot2)
COVID<-read.csv("dataset.csv")
res_parametric_si<-estimate_R(COVID$I,method="parametric_si",config=make_config(list(mean_si=4,std_si=3)))
plot(res_parametric_si)

错误

进程I（incid）（script.R#4）中出错：incid必须是一个向量或数据帧，其中I）一列名为“I”，或ii）两列名为“local”和“imported”

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对于示例数据，问题似乎是它只覆盖7个数据点，而配置程序假设在那里它可以在7天以上打开窗口。对我有效的是下面的代码（在不抛出错误的意义上工作）

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config第一步是阅读函数“estimate\R”的帮助。在您的情况下，您可能应该重命名要用作关联的列（因此，如果你有总发病率，或者本地和导入，如果你有本地感染和导入感染的划分。我以前做过。但是将随机列重命名为“本地”和“导入”不会改变错误。将任何列重命名为“I”/“ii”会抛出新的错误“默认配置”将估计每周sl上的R正在标识windows。若要更改此设置，请更改t_start和t_end参数。检查时间出错（配置$t_start，配置$t_end，t）（script.R#4）：t_start必须是介于2和incid中的时间步数之间的整数向量。“。这对我来说并不重要。看起来必须以其他方式进行处理。但感谢您的回答。是否您的示例没有足够的数据点？“默认配置将在每周滑动窗口上估计R。若要更改此设置，请更改t_开始和t_结束参数。”，请参阅我的回答谢谢你的回答，忘记将其标记为有用。我根据你的回答修改了脚本以满足我的需要。对错误进行了一点说明。如果时间/日期不正确或太小，CLI将返回一个错误（非零退出），但图形仍会生成。在GUI中，这自然不是问题。
Date,Suspected per day,Total suspected,Discarded/pending,Confirmed per day,Total confirmed,Deaths per day,Deaths Total,Case fatality rate,Daily confirmed,Recovered per day,Recovered total,Active cases,Tested with PCR,# of PCR tests total,average tests/ 7 days,Inf HCW,Inf HCW/d,Vent HCW,Susp per day
01-Jul-20,1239,91172,45285,889,45887,12,1185,2.58%,889,505,20053,24649,11109,676684,10073,6828,63,,1239
02-Jul-20,1249,92421,45658,876,46763,27,1212,2.59%,876,505,20558,24993,13167,689851,9966,6874,46,,1249
03-Jul-20,1288,93709,46032,914,47677,15,1227,2.57%,914,597,21155,25295,11825,701676,9915.7,6937,63,,1288
04-Jul-20,926,94635,46135,823,48500,22,1249,2.58%,823,221,21376,25875,9934,711610,9957,6990,53,,926
05-Jul-20,680,95315,46272,543,49043,13,1262,2.57%,543,327,21703,26078,6696,718306,9963.7,7030,40,,680
06-Jul-20,871,96186,46579,564,49607,21,1283,2.59%,564,490,22193,26131,9343,727649,10303.9,7046,16,,871
07-Jul-20,1170,97356,46942,807,50414,23,1306,2.59%,807,926,23119,25989,13568,741217,10806,7092,46,,1170

config <- make_config(incid = COVID$Daily.confirmed, 
                  method="parametric_si", 
                  list(mean_si=4,std_si=3, t_start = c(2,3),t_end = c(6,7)))
res_parametric_si<-estimate_R(COVID$Daily.confirmed,method="parametric_si",config=config)
plot(res_parametric_si)