使用Matlab将数据附加到hdf5容器

我使用MATLAB创建了一个HDF5容器。内容是几个尺寸为

[1024 1024 4]

（=宽度、高度、频道）的图像。我创建并填充了数据集，如下所示：

% GENERATE DATA
img = double(ones([1024 1024 4]));             % example for image
imgs_dset = double(ones([size(img) n_imgs]);   % dataset [1024 1024 4 n_imgs]
datasetname = '/data';

% CREATE hdf5 container
% dset_size is 'Inf' so that container can hold arbitrary number of imgs
dset_size = [size(img) Inf];                   % = [1024 1024 4 Inf]
h5create(filename, datasetname, dset_size, 'Datatype', class(imgs_dset));

% FILL dataset
h5write(filename, datasetname, imgs_dset);

这很好，所有的

n\u img

都被写入文件。但是，我现在想向同一数据集中添加更多图像，不知道所创建文件的大小

n_imgs

（附加脚本独立于创建脚本访问文件）

对于较旧的版本，有一个类似于

'WriteMode'，'append'

的选项，但是现在函数h5write需要参数

start

和

count

（在这里）

我对如何确定这些参数感到困惑。在他们树立的榜样中

start = [1 j];  % probably translates to [1 n_imgs]?
count = [20 1]; % translates to [img ?]

在我的示例中如何设置这些参数

如果我知道

n\u imgs

如果我不知道

n\u imgs

---

start

是数据中开始写入文件的位置

count

是您将写入文件的数据量

假设

n\u imgs

已写入文件，并且您希望追加，

start

将是

[1 n\u imgs+1]

。（即，在下一个图像的起始位置开始写入文件）。假设您希望将5个新图像附加到文件中，

count

将是

[1024 1024 4 5]

如果您不知道以前有多少图像写入了hdf5，可以使用

h5info

下面是您的示例，以及如何附加到示例中：

% GENERATE DATA
n_imgs = 3;
img = double(ones([1024 1024 4]));             % example for image
imgs_dset = double(ones([size(img) n_imgs]));   % dataset [1024 1024 4 n_imgs]
datasetname = '/data';
filename = 'data.h5';

% CREATE hdf5 container
% dset_size is 'Inf' so that container can hold arbitrary number of imgs
dset_size = [size(img) Inf];                   % = [1024 1024 4 Inf]
h5create(filename, datasetname, dset_size, ...
         'Datatype', class(imgs_dset), 'ChunkSize', [1024 1024 1 1] );

% FILL dataset with first few images
h5write(filename, datasetname, imgs_dset, [1 1 1 1], [size(img) n_imgs]);

% APPEND to dataset
n_new_images = 5;
new_imgs_dset = double(ones([size(img) n_new_images]));
info = h5info('data.h5', '/data');
curSize = info.Dataspace.Size; % is currently [1024 1024 4 3].
h5write(filename, datasetname, new_imgs_dset, ...
             [1 1 1 curSize(end)+1], [size(img) n_new_images]);

% check size of dataset after appending:
info = h5info('data.h5', '/data');
disp(info.Dataspace.Size) % size is now [1024 1024 4 8]

---

start

是数据中开始写入文件的位置

count

是您将写入文件的数据量

假设

n\u imgs

已写入文件，并且您希望追加，

start

将是

[1 n\u imgs+1]

。（即，在下一个图像的起始位置开始写入文件）。假设您希望将5个新图像附加到文件中，

count

将是

[1024 1024 4 5]

如果您不知道以前有多少图像写入了hdf5，可以使用

h5info

下面是您的示例，以及如何附加到示例中：

% GENERATE DATA
n_imgs = 3;
img = double(ones([1024 1024 4]));             % example for image
imgs_dset = double(ones([size(img) n_imgs]));   % dataset [1024 1024 4 n_imgs]
datasetname = '/data';
filename = 'data.h5';

% CREATE hdf5 container
% dset_size is 'Inf' so that container can hold arbitrary number of imgs
dset_size = [size(img) Inf];                   % = [1024 1024 4 Inf]
h5create(filename, datasetname, dset_size, ...
         'Datatype', class(imgs_dset), 'ChunkSize', [1024 1024 1 1] );

% FILL dataset with first few images
h5write(filename, datasetname, imgs_dset, [1 1 1 1], [size(img) n_imgs]);

% APPEND to dataset
n_new_images = 5;
new_imgs_dset = double(ones([size(img) n_new_images]));
info = h5info('data.h5', '/data');
curSize = info.Dataspace.Size; % is currently [1024 1024 4 3].
h5write(filename, datasetname, new_imgs_dset, ...
             [1 1 1 curSize(end)+1], [size(img) n_new_images]);

% check size of dataset after appending:
info = h5info('data.h5', '/data');
disp(info.Dataspace.Size) % size is now [1024 1024 4 8]

---

太好了，这正是我需要的。谢谢你的解释！太好了，这正是我需要的。谢谢你的解释！