R 嵌套热图

我不确定嵌套热图是否是正确的词，但鉴于你有一些特定的基因，我想给出一种疾病的相对风险热度（RR）。然而，如果你有1个特定的基因，2个特定的基因等等，那么应该清楚疾病的RR是什么。像这幅画的东西

你知道有什么工具可以做这样的事情吗？最好是在R

编辑： 数据如下所示：

GeneA   1.05  
GeneA_B 3.08  
GeneA_C 5.6  
GeneA_B_C 8.07

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但是如果这能使工作更容易的话，可能会有所不同。

您的问题可能会在

productplots

包中找到答案。这第一次尝试缺乏你的色彩和结构，但它有元素

创建示例数据帧

structure(list(Gene = structure(c(1L, 2L, 4L, 3L), .Label = c("GeneA", 
"GeneA_B", "GeneA_B_C", "GeneA_C"), class = "factor"), Probability = c(1.05, 3.08, 5.6, 8.07)), .Names = c("Gene", "Probability"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))

创建树形图的形式

library("productplots")

prodplot(data = df, ~ Gene + Probability, stacked()) + theme_tufte() +
  ggtitle("Relative Risks (RR) of Various Gene Combinations")][1] 

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首先，您能否提供一些可能是您所寻找内容基础的示例数据？第二，你想要的是树状图的形式吗？第三，你所说的“RR”是什么意思？1）数据是这样的格式：GeneA 1.05 GeneA_B 3.08 GeneA_C 5.6 GeneA_B_C 8.07 2）否-稍后将解释3）RR表示相对风险澄清：我想展示一下，鉴于你有不同的基因，患疾病的相对风险。我已经计算了一种疾病的相对风险，假设你有GeneA，假设你同时有GeneA和B，或者同时有基因a和C。所以我想以热图的方式展示一种疾病的相对风险，给定多种基因组合。有帮助吗？我明白你的意思。但我的想法是能够添加一个额外的基因，看看它是如何改变RR的。在您的示例中，它被视为四个独立样本。那么我不妨做一个标准的条形图。如果你知道每个基因对一种疾病的RR贡献的百分比，那么一个每个条形图都是100%的堆叠条形图难道不能表达相互作用吗？可以将每根钢筋的堆叠钢筋设置为100%。因为我对基因和RR一无所知，所以我很难想出什么建议。但我认为你想通过组合来显示每个基因组合和总RR。分段条形图不会朝正确的方向移动吗？我想我可以做一个堆叠的条形图。我对百分比不感兴趣，但对结局RR感兴趣。我有几百个基因组合，这就是为什么我认为制作一张热图会很好。然后我就能看到哪些区域的RR似乎很高。我想一个堆叠的条形图也可以有类似的功能，看看哪些区域的条形图是高的。然而，我仍然更喜欢有一种方法可以制作彼此内部的热图，或者有另一种方法可以让它看起来像我的原始图片。