R 社区差异数据集的空间自相关校正
我有一个社区集合数据集,包含15个地点的299个物种。我对校正空间自相关对贝塔多样性或物种更替的影响感兴趣 不同立地之间的空间距离和群落的异质性有明显的影响。我有一个完整的mantel相关图来显示这种效果,但现在我有点被困在如何解释这种效果或修正beta多样性分析上。更重要的是,站点之间距离的影响与我的环境影响相比如何 包括距离和降水差异的部分曼特尔试验 图书馆生态区 natt.pmgramR 社区差异数据集的空间自相关校正,r,matrix,spatial,correlation,R,Matrix,Spatial,Correlation,我有一个社区集合数据集,包含15个地点的299个物种。我对校正空间自相关对贝塔多样性或物种更替的影响感兴趣 不同立地之间的空间距离和群落的异质性有明显的影响。我有一个完整的mantel相关图来显示这种效果,但现在我有点被困在如何解释这种效果或修正beta多样性分析上。更重要的是,站点之间距离的影响与我的环境影响相比如何 包括距离和降水差异的部分曼特尔试验 图书馆生态区 natt.pmgram #load libraries library (vegan) library (fossil) #
#load libraries
library (vegan)
library (fossil)
#load datasets
spp.list<-read.csv('Spatial Autocorrelation.csv', header=T)
rownames(spp.list)=spp.list$Site
sites.xy= spp.list[,(2:3)]
precip= spp.list[,(4)]
spp.list<-spp.list[,(5:303)]
#check for spatial autocorrelation and environmental correlation using Mantel Test
#build a species dissimilarity matrix
dist.mat=vegdist (spp.list)
#build a geographic distance matrix for sites
geo.dist.mat=earth.dist(sites.xy)
#build a distance matrix for precip values
precip.dist <-dist (precip)
#identify the correlations between two matrices Matel Correlelogram
correlog<-mantel.correlog( dist.mat, geo.dist.mat, nperm=999 )
summary(correlog)
correlog
plot (correlog)