如何计算R中大型矩阵（affymetrix基因表达数据）中所有列的范围和方差？

你好 我有一个像上面这样的文本文件。我想计算所有列（探测）的范围和方差，并有一个输出文件，假设如下所示（所有探测的范围和方差值）-

我不关心此分析的行名（containing.CEL）。非常感谢你的帮助

诚恳

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AR

使用

应用

功能，其中

2

表示按列

data.frame(
    Probe_ID = colnames(df),
    Range = apply(df,2,function(x) paste(range(x),collapse=",")),
    Variance = apply(df,2,var)
)

示例数据：

df <- data.frame(a=1:34,b=2:35) 

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如果您想要一个稍微更有效的方法，

matrixStats

具有

colRanges

和

colVars

，非常适合这种矩阵操作：

库（matrixStats）
mat
df%>%汇总所有（列表（最小值=最小值，最大值=最大值，方差=变量））
。如果必须将它们放在同一单元格中，
dat%%>%summary_all（list（range=~range（.x）%%>%paste0（collapse=“，”，variance=var））
我已经更新了我的答案，现在效果很好。我已经修复了这个答案，并添加了一个示例，作为快速简单的概念证明。非常感谢你！！
  Probe_ID Range Variance
a        a  1,34 99.16667
b        b  2,35 99.16667