Algorithm 带间隙的动态规划对准算法

Algorithm 带间隙的动态规划对准算法,algorithm,optimization,alignment,dynamic-programming,Algorithm,Optimization,Alignment,Dynamic Programming,我写了一个动态规划对齐算法。我希望排列从两个不同信号中提取的两个峰值列表。峰列表是具有两个柱、两个特征的数据集:峰的时间和峰的面积。由于峰值来自两个不同的信号,因此两个列表都不包含精确匹配。然而,两个峰值列表都有一些共同的峰值(约三分之二),也就是说,峰值在时间和面积上都很接近 在我的第一个DP算法中,我依靠一个考虑时间和面积的距离计算。我迭代最短峰值列表中的峰值,并计算它们到另一个数据集中某些峰值的距离。我用这些距离填充一个分数矩阵,然后我向后查找最优路径(最小距离)。如果我想将最短列表中的所

我写了一个动态规划对齐算法。我希望排列从两个不同信号中提取的两个峰值列表。峰列表是具有两个柱、两个特征的数据集:峰的时间和峰的面积。由于峰值来自两个不同的信号,因此两个列表都不包含精确匹配。然而,两个峰值列表都有一些共同的峰值(约三分之二),也就是说,峰值在时间和面积上都很接近

在我的第一个DP算法中,我依靠一个考虑时间和面积的距离计算。我迭代最短峰值列表中的峰值,并计算它们到另一个数据集中某些峰值的距离。我用这些距离填充一个分数矩阵,然后我向后查找最优路径(最小距离)。如果我想将最短列表中的所有峰值分配给最大列表中的峰值,那么这将非常有效。然而,若允许间隙,也就是说,若最短数据集中的某些元素在最大数据集中不匹配,那个么它就不起作用

DP的哪种细化可以处理此类问题?还有什么其他算法可以处理这些问题


谢谢

我不确定我是否在跟进,这是因为我们确实考虑了差距,你能提供你的递归公式和一个小测试用例来说明它失败的地方吗?我对你在这里提到的领域没有太多的知识,并且一直在尝试更新我在离散傅里叶变换方面的知识。但是你看过DFT吗?这两个信号的卷积能帮助你吗?如果你用图形绘制卷积图,卷积中的高值可能对应于这两个信号中的峰值。