Numpy 为pymc3声明无变量

我在使用pymc3复制pymc2代码时遇到问题

我相信这是因为pymc3使用的theano类型变量与我使用的numpy操作不兼容。所以我使用@theano.decorator：

我有这个功能：

with pymc3.Model() as model:

    z_stars         = pymc3.Uniform('z_star',    self.z_min_ssp_limit, self.z_max_ssp_limit)
    Av_stars        = pymc3.Uniform('Av_star',   0.0, 5.00)
    sigma_stars     = pymc3.Uniform('sigma_star',0.0, 5.0)

    #Fit observational wavelength
    ssp_fit_output = self.ssp_fit_theano(z_stars, Av_stars, sigma_stars, 
                                         self.obj_data['obs_wave_resam'], 
                                         self.obj_data['obs_flux_norm_masked'], 
                                         self.obj_data['basesWave_resam'], 
                                         self.obj_data['bases_flux_norm'], 
                                         self.obj_data['int_mask'], 
                                         self.obj_data['normFlux_obs'])

    #Define likelihood
    like = pymc.Normal('ChiSq', mu=ssp_fit_output, 
                       sd=self.obj_data['obs_fluxEr_norm'], 
                       observed=self.obj_data['obs_fluxEr_norm'])

    #Run the sampler
    trace = pymc3.sample(iterations, step=step, start=start_conditions, trace=db)

其中：

@theano.compile.ops.as_op(itypes=[t.dscalar,t.dscalar,t.dscalar,t.dvector,
                                  t.dvector,t.dvector,t.dvector,t.dvector,t.dscalar],
                          otypes=[t.dvector])
def ssp_fit_theano(self, input_z, input_sigma, input_Av, obs_wave, obs_flux_masked, 
                   rest_wave, bases_flux, int_mask, obsFlux_mean):
   ...
   ...

前三个变量是标量（来自pymc3均匀分布）。这个 剩下的变量是numpy数组，最后一个是float。然而，我是 获取此“'numpy.ndarray'对象没有属性'type'”错误：

文件“/home/user/anaconda/lib/python2.7/site packages/theano/gof/op.py”，第615行，在调用中__
节点=self.make_节点（*输入，**kwargs）
文件“/home/user/anaconda/lib/python2.7/site packages/theano/gof/op.py”，第963行，在make_节点中
如果不是全部（inp.type==it for inp，它在zip中（inputs，self.itypes））：
文件“/home/user/anaconda/lib/python2.7/site packages/theano/gof/op.py”，第963行，在
如果不是全部（inp.type==it for inp，它在zip中（inputs，self.itypes））：
AttributeError:'numpy.ndarray'对象没有属性'type'

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请注意，任何正确的建议都会受到欢迎。

当我从pymc2转到pymc3时，我有一大堆浪费时间的站点。我想问题是，医生很糟糕。我怀疑他们忽略了文档，因为代码还在不断发展。3评论/建议：

• 我希望您能在这里使用“@theano.compile.ops.as_op”或在这里找到一些帮助

• “@theano.compile.ops.as_op”的缺点是隐式排除了与函数梯度相关的任何分析。为了获得梯度，我认为你需要用一种更复杂的方式来定义你的函数

• 警告：目前，如果您想在Windows下分发代码，使用theano似乎是一个问题源。你看，但我不确定这是个人的笨拙还是一个真正的问题。就我个人而言，我不得不放弃theano来分发我的代码

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仅仅根据变量的名称，调用

ssp_fit_theano

不应该是

self.ssp_fit_theano（z_星、sigma_星、Av_星等）

？（与

ssp\u fit\u theano

的呼叫签名相比，第二个和第三个参数似乎不合适）。非常感谢您的回复（以及您的理解）。我一直了解到，这个问题比这复杂得多。使用pymc2，我一直设法将其变量与第三方python库结合在一起，没有任何问题。然而，现在还不是那么直截了当。当然，他们必须有自己的理由，但是文档中应该有更多的例子。

  File "/home/user/anaconda/lib/python2.7/site-packages/theano/gof/op.py", line 615, in __call__
    node = self.make_node(*inputs, **kwargs)
  File "/home/user/anaconda/lib/python2.7/site-packages/theano/gof/op.py", line 963, in make_node
    if not all(inp.type == it for inp, it in zip(inputs, self.itypes)):
  File "/home/user/anaconda/lib/python2.7/site-packages/theano/gof/op.py", line 963, in <genexpr>
    if not all(inp.type == it for inp, it in zip(inputs, self.itypes)):
AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'type'